Биоинженерия и биоинформатика это что такое
Профессия: биоинформатик
Научные исследования, решение прикладных задач и перспективы в будущем
Преподаватель курса биоинформатики в «Фоксфорде» Сергей Исаев рассказывает о своей профессии, карьерных перспективах и заработках молодого специалиста с дипломом биоинформатика.
От программирования к биологии
Я родился и учился в школе в Астрахани. До 9-го класса увлекался математикой и информатикой: участвовал в местных олимпиадах, самостоятельно изучил Python и пытался писать простенькие программы. Я очень не любил биологию в средних классах, однако в 9-м классе началось изучение молекулярной биологии, генетики и эволюции — и я понял, что это моё.
Я стал посвящать гораздо больше времени биологии и в какой-то момент начал заниматься в основном ей. Важной вехой стало участие в Школе молекулярной и теоретической биологии (ШМТБ). Здесь старшие школьники со всей России занимаются настоящими научными проектами под руководством действующих учёных. В школе я выбрал «сухую» (биоинформатическую) лабораторию Максима Имакаева, в которой занимались компьютерным моделированием диффузии хроматина. Тогда-то понял, что вместо того, чтобы выбирать что-то одно, я могу заняться сразу и биологией, и программированием.
Поступление в МГУ
В ШМТБ я прислушался к мнению преподавателей, прочитал отзывы в интернете и принял окончательное решение поступать на факультет биоинженерии и биоинформатики МГУ. Для поступления нужно было сдавать ЕГЭ по русскому языку, математике, химии, биологии и ДВИ по математике.
Поступить было относительно непросто. Я самостоятельно занимался почти всё свободное от школы время, участвовал во Всероссийской олимпиаде школьников по биологии: диплом победителя или призёра гарантировал бы мне поступление. Но мне не хватило всего 0,2 балла до того, чтобы стать призёром на заключительном этапе. Пришлось поступать по результатам ЕГЭ.
Мне очень помогло наличие действительных дипломов нескольких олимпиад по химии, биологии и математике. Они принесли мне 100 баллов ЕГЭ по биологии и химии и 100 баллов ДВИ по математике. Всего получилось около 490 баллов — и я прошёл на бюджет. А вот в 2020 году ситуация с поступлением на факультет была сложнее — все бюджетные места были заняты призёрами и победителями ВсОШ, поэтому по ЕГЭ поступить было в принципе невозможно.
Чем занимается биоинформатик
Важно: под словом «биоинформатика» можно понимать разные вещи.
Во-первых, биоинформатика — это один из методов проведения фундаментальных биологических исследований. Например, с помощью алгоритмов можно определить, каким образом общаются злокачественные клетки рака с соседними клетками, или понять эволюцию группы организмов. Выбор методов и подходов зависит от поставленной цели. Задача биоинформатика — получить данные, изучить их и понять, какую информацию и с помощью каких алгоритмов можно из этих данных извлечь. Чтобы работать в этом направлении, нужно очень хорошо разбираться в какой-то конкретной области биологии.
Во-вторых, биоинформатика — это одно из направлений компьютерных наук. Есть биоинформатики, которые создают алгоритмы и разрабатывают пакеты программ для анализа данных. Здесь важно хорошо понимать фундаментальную математику и алгоритмы.
И в-третьих, биоинформатика — это метод решения прикладных задач в биотехнологической и медицинской индустрии. Например, с помощью анализа данных пациентам можно точнее назначать лекарство при разных заболеваниях. Для этого в медицинских и биотехнологических компаниях в штат нанимают биоинформатиков. Здесь для успешной карьеры не обязательно глубоко разбираться в каком-то конкретном домене биологии, достаточно быть компетентным в своей области — базовой молекулярной биологии и data science.
Чем я занимаюсь сейчас
Сейчас я учусь на 6-м курсе факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ. Параллельно с учёбой с 3-го курса работаю в Институте проблем передачи информации РАН в лаборатории Юрия Валентиновича Панчина.
Я безумно благодарен судьбе, что попал к нему в лабораторию: это один из самых важных людей в моей академической карьере. Сложно переоценить, какую поддержку он мне оказывал в течение всей совместной работы. Сначала я был стажёром-исследователем, а потом стал исполняющим обязанности младшего научного сотрудника. В этой лаборатории я занимался в основном сравнительной геномикой различных беспозвоночных животных.
Также с 5-го курса я работаю в компании BostonGene, которая занимается исследованиями в области рака и разрабатывает систему для индивидуальной терапии пациентов на основе генетических анализов. Я занимаюсь исследованиями в отделе молекулярной онкологии.
Ещё одна сторона моей деятельности — преподавание. Курс по биоинформатике я начал вести в 2018 году — сначала в школе № 57, потом в школе «Летово». За это время удалось сделать неплохую программу, и вот с 2020 года веду курс биоинформатики и в «Фоксфорде». Мне очень нравится преподавать.
Это возможность общаться с людьми, рассказывать ребятам что-то новое, о чём они не прочитают в интернете, а также самому развиваться в профессии. Любая информация лучше укладывается в голове, когда её объясняешь другим.
Качества и навыки, которые нужны биоинформатику
Любознательность
В этой профессии очень важно обладать тягой к познанию, изучению нового, быть открытым новым методам. Биоинформатика очень быстро развивается, методы устаревают буквально на глазах за несколько лет — нужно быть в тренде, стремиться попробовать что-то новое.
Целеустремлённость
Чтобы сделать успешную карьеру, требуется приложить большие усилия, и тут очень важно не бросить на полпути, уметь поставить и достичь цель, проявлять усердие и терпение.
Математика
В биоинформатику не стоит идти, если пугает математика и математические методы. Математика необходима, чтобы разбираться в статистике, анализе данных, методах машинного обучения.
Аналитическое мышление
Биоинформатик постоянно имеет дело с анализом информации. Он должен уметь обобщать, отделять главное от второстепенного, группировать данные по категориям, устанавливать причины и следствия.
Английский язык
Это язык современной науки, на нём проходят конференции, публикуются статьи, книги, исследования. В программировании и IT тоже не обойтись без английского языка, так что биоинформатику свободный английский особенно важен.
Карьера и зарплата
Карьерная лестница, зарплата и перспективы зависят в том числе от того, какую из двух сторон профессии выбрать: научные исследования или решение прикладных задач.
В науке можно пройти путь от аспиранта до доктора наук и директора собственной лаборатории, сделать открытие и даже получить Нобелевскую премию. Однако на первых порах зарплата вряд ли будет высокой. Сейчас наука во многом существует за счёт грантов. Если вы даже аспирантом попадёте в хорошую лабораторию, которая занимается актуальными исследованиями, то сможете зарабатывать и 70 тысяч рублей в месяц. А можете попасть в неудачную лабораторию и зарабатывать намного меньше.
В индустрии вы начнёте с места джуниора в отделе компании, где перед вами будут ставить конкретные задачи, но по мере освоения профессии, нарабатывая опыт, можете стать, например, директором отдела компьютерных исследований. Биотехнологических компаний на рынке сейчас намного больше, чем 10 лет назад. Это молодая развивающаяся сфера, которая связана со здоровьем человека, так что новые рабочие места будут появляться. Зарплата начинающего биоинформатика в Москве колеблется от 60 до 80 тысяч рублей, ну а дальше можно зарабатывать и больше — карьерный рост тут устроен примерно так же, как и в других IT-компаниях.
Смежные сферы, куда можно пойти работать с образованием биоинформатика
Биоинженерия. Специальность на факультете называется «биоинженерия и биоинформатика», там дают знания в области молекулярной биологии, генетики, и теоретически можно пойти работать в эти сферы.
IT. Вы получите обширные знания в области компьютерных наук и анализа данных и сможете полностью уйти в эту сферу без привязки к биологии.
Медицинская статистика. Статистика — составная часть анализа данных, и если умеете одно — сможете и другое.
Где учиться на биоинформатика
Университеты с направлением «Биоинженерия и биоинформатика»:
Также биоинформатике обучают на таких направлениях, как «Биотехнические системы и технологии» (Уральский федеральный университет им. Б.Н. Ельцина), «Биомедицинские технические системы» (МГТУ им. Н.Э. Баумана), «Биотехнические и медицинские аппараты и системы» (МАИ, Национальный исследовательский университет «МЭИ», СПбГЭТУ «ЛЭТИ», Санкт-Петербургский государственный университет аэрокосмического приборостроения).
Если вы нашли ошибку, пожалуйста, выделите фрагмент текста и нажмите Ctrl+Enter
StudyInFocus
Высшее образование в Германии
News Articles
Возможно вы ищите.
Blog Posts
Будущее сегодня: профессия биоинженер
Слово «биоинженерия» звучит фантастически, как будто из фильма о биороботах; на самом деле, достижениями этой отрасли мы давно уже активно пользуемся.
К разработкам специалистов биоинженерии относятся:
История возникновения профессии биоинженер
Автором термина «биоинженерия» является британский ученый и диктор Хайнц Вульф. Термин появился в 1954 году и использовался для описания использования растений в строительстве. Со временем смысл этого слова изменился и сейчас обозначает использование инженерных методов для преобразования живых организмов.
Особенности профессии
Биоинженерия возникла на стыке таких дисциплин, как:
Чем занимаются биоинженеры
Биоинженерию следует отличать от генной инженерии, которая является лишь ее разделом. Генная инженерия занимается изменением ДНК организмов, в то время как биоинженерия — это комплексная дисциплина, направленная на использование междисциплинарных разработок в области инженерии, биологии и медицины для лечения болезней, укрепления здоровья и продления жизни.
Биоинженерия решает проблемы медицинского характера методами инженерии, поэтому в немедицинских аспектах похожа на биотехнологию.
Плюсы и минусы специальности
Преимущества профессии биоинженер:
Отрасли профессии биоинженерии
В биоинженерии немало направлений, например:
Круг обязанностей биоинженера
Основная задача специалистов — разработка передовых технологий в биологии и медицине для охраны здоровья и решения медицинских проблем. Деятельность биоинженера включает спектр задач от создания техническими средствами искусственных органов либо выращивания органов и тканей до разработки генно-модифицированных организмов.
В рамках этих задач биоинженеры занимаются:
Личные качества, необходимые специалисту
Биоинженерия — профессия наукоемкая, поэтому для работы в ней необходимо иметь высокий интеллект и способности к обучению.
Кроме того, биоинженеру пригодятся:
Биоинженерия относится к категориям «человек — техника» и «человек — природа».
Как стать биоинженером
Поскольку биоинженерия — передовая отрасль современной науки, лучше всего изучать ее в вузах, которые находятся в авангарде наук.
Вам также может быть интересно:
Немецкие вузы известны по всему миру своим качеством образования, новаторским подходом и богатой научно-технической базой. Для специальностей, требующих проведение научно-практических экспериментов, это идеальное место, поскольку в учебе большое внимание уделяется именно практической составляющей и самостоятельным проектам студентов. В ходе обязательной практики студенты зачастую оказываются в лабораториях известных компаний, и действительно талантливые и заинтересованные учащиеся могут еще до окончания вуза найти высокооплачиваемую и перспективную работу. Если же с работой не сложилось, в любом случае, останется опыт, которые пригодится в дальнейшем трудоустройстве.
Узкие специализации в области биоинженерии:
Как понять, сможет ли эта профессия стать делом вашей жизни? Консультация в области карьерного ориентирования поможет это выяснить.
Профессии в рамках науки биоинженерии:
Где работают биоинженеры
Квалифицированному биоинженеру несложно найти работу в НИИ, которые работают в сфере генетической или клеточной инженерии, молекулярной биологии, медицинской химии. Молодых специалистов могут приглашать зарубежные институты.
Доходы биоинженеров
Как бы ни был специалист влюблен в свою профессию, прежде всего она необходима, чтобы зарабатывать на жизнь.
К сожалению, в странах постсоветского пространства биоинженеры в денежном выражении ценятся не слишком высоко.
В России зарплаты специалистов в НИИ составляют порядка 400 долларов в месяц; в Москве в 1,5–2 раза больше.
В биотехнологических лабораториях зарплаты могут достигать 1500–3000 долларов.
На Украине биоинженеры зарабатывают 200–450 долларов в месяц, а в лабораториях, которые получают зарубежные гранты — 1000–1300 долларов.
Специалисты в области биотехнологий в Казахстане зарабатывают от 160 тысяч тенге.
В европейских странах зарплаты биотехнологов составляют, в среднем, 3 тысячи евро в месяц.
Перспективы и карьера
Сейчас биоинженерия востребована, в основном, в рамках фундаментальных исследований. В России на данный момент происходит пересмотр законодательства, регулирующего эту отрасль с целью ее развития.
Для специалиста-биоинженера всегда найдется работа в лабораториях научно-исследовательских институтов либо производств. Биоинженер может сделать карьеру в научной деятельности на родине либо за рубежом.
Если вы настроены на международную карьеру, лучше сразу получать образование за границей. В Германии это можно сделать бесплатно, поскольку немецкие вузы не взимают какой-либо платы, кроме семестрового взноса, ни с местных, ни с иностранных студентов. Узнайте, как выбрать немецкий вуз и поступить на учебу.
Данные внутри нас: Чем занимаются биоинформатики?
Рассказываем про людей будущего, которые расшифровывают органическую биг-дату. За последние два десятилетия количество биологических данных, которые можно проанализировать, выросло во много раз благодаря тому, что был расшифрован геном человека. До этого мы и представить не могли, что по информации, хранящейся буквально у нас в крови, можно будет определить наше происхождение, проверить, как организм будет реагировать на определенные лекарства, и даже изменить свою биологическую наследственность.
Эта и другие статьи раньше всего выходят в блоге на нашем сайте. Приятного чтения.
Атрибуты среднестатистического биоинформатика такие же, как у программиста — красные глаза, сутулая осанка и следы от кофейных чашек на рабочем столе. Однако за этим столом идет работа не над абстрактными алгоритмами и командами, а над кодом самой природы, который может многое рассказать нам о нас и мире вокруг.
Специалисты в этой области имеют дело с огромными объемами данных (к примеру, результаты секвенирования генома одного человека занимают около 100 гигабайт). Поэтому обработка такого массива информации требует подходов и инструментов Data Science. Логично, что успешный биоинформатик должен разбираться не только в биологии и химии, но и в методах анализа данных, статистике и математике — это делает его профессию достаточно редкой и востребованной. Такие специалисты особо нужны в областях инновационной медицины и разработке лекарств. Технологический гиганты вроде IBM и Intel открывают свои программы, посвященные изучению биоинформатики.
Что нужно, чтобы стать биоинформатиком?
Чем занимаются биоинформатики?
Современная биоинформатика делится на два основных ответвления — структурная биоинформатика и биоинформатика последовательностей. В первом случае мы видим человека, который сидит перед компьютером и запускает программы, помогающие изучать биологические объекты (например, ДНК или белки) в 3D-визуализациях. Они строят компьютерные модели, позволяющие предсказать, как молекула лекарства будет взаимодействовать с белком, как выглядит пространственная структура белка в клетке, какими свойствами молекулы объясняются ее взаимодействия с клеточными структурами и т. д.
Методы структурной биоинформатики активно используются как в академической науке, так и в индустрии: сложно представить фармкомпанию, которая обходится без таких специалистов. За последние годы компьютерные методы позволили в разы упростить процесс поиска потенциальных лекарств, что сделало фармацевтическую разработку гораздо более быстрым и дешевым процессом.
РНК-зависимая РНК-полимераза SARS-CoV-2 (слева), а также её связь с дуплексом РНК. Источник.
Что такое геном?
Геном это вся информация о строении наследственности организма. Практически у всех живых существ носителем генома является ДНК, но есть организмы, передающие свою наследственную информацию в виде РНК. Геном передается от родителей к детям, и в ходе этого процесса передачи могут возникать ошибки — мутации.
Взаимодействие лекарства ремдесивира с РНК-зависимой РНК-полимеразой вируса SARS-CoV-2. Источник.
Биоинформатика последовательностей работает с более высоким уровнем организации живой материи — начиная с отдельных нуклеотидов, ДНК и генов, и заканчивая целыми геномами и их сравнениями друг с другом.
Представьте себе человека, который видит перед собой набор букв алфавита (но не простого, а генетического или аминокислотного) и ищет в них закономерности, объясняя и подтверждая их статистически, с использованием компьютерных методов. Биоинформатика последовательностей объясняет, с какой мутацией связано то или иное заболевание или почему в крови пациента накапливаются вредоносные вещества. Помимо медицинских данных, биоинформатики последовательностей изучают закономерности распространения организмов по земле, популяционные различия между группами животных, роли и функции конкретных генов. Благодаря этой науке можно проверять эффективность лекарств и изучать биологические механизмы, которые объясняют их действие.
Например, благодаря биоинформатическому анализу были найдены и описаны мутации, приводящие к развитию муковисцидоза — моногенного заболевания, вызванного поломкой гена одного из хлорных каналов. А еще теперь мы гораздо лучше знаем, кто приходится ближайшим биологическим родственником человеку и как наши предки расселялись по планете. Более того, каждый человек, прочитав свой геном, может узнать, откуда происходит его род и к какой этнической группе он принадлежит. Множество зарубежных (23andme, MyHeritage) и российских (Genotek, Atlas) сервисов позволяют получить эту услугу за сравнительно небольшую цену (порядка 20 тыс. рублей).
Результаты анализа ДНК-теста на происхождение и популяционную принадлежность от компании MyHeritage.
Результаты анализа ДНК-теста на популяционную принадлежность от компании 23andMe.
Как читают геном?
Сегодня секвенирование генома — рутинная процедура, которая обойдется любому желающему примерно в 150 тыс. рублей (в том числе, в России). Чтобы прочитать свой геном, достаточно просто сдать в специальной лаборатории кровь из вены: через две недели вы получите готовый результат с детальным описанием ваших генетических особенностей. Помимо своего генома можно проанализировать геномы микробиоты кишечника: вы узнаете особенности бактерий, населяющих вашу пищеварительную систему, а также получите консультацию от профессионального диетолога.
Геном можно прочитать разными методами, одним из основных сейчас является так называемое «секвенирование нового поколения». Для проведения этой процедуры нужно сначала получить биологические образцы. В каждой клетке организма геном одинаковый, поэтому чаще всего для чтения генома берут кровь (это проще всего). После этого клетки разрушают и отделяют ДНК от всего остального. Затем, полученную ДНК дробят на множество маленьких кусочков и «пришивают» к каждому из них специальные адаптеры — искусственно синтезированные известные последовательности нуклеотидов. Потом цепочки ДНК разделяют, и однонитевые цепочки с помощью адаптеров присоединяют к специальной плашке, на которой проводится секвенирование. В ходе секвенирования к последовательности ДНК присоединяются комплементарные флуоресцентно меченые нуклеотиды. Каждый меченый нуклеотид при присоединении испускает пучок света определенной длины волны, что фиксируется на компьютере. Так компьютер прочитывает короткие последовательности исходной ДНК, которые потом с помощью специальных алгоритмов собираются в исходный геном.
Пример данных, с которыми работают биоинформатики последовательностей: выравнивание аминокислотных последовательностей.
Где работают и сколько получают биоинформатики?
Путь биоинформатика традиционно делится на две основные области — индустрия и наука. Карьера ученого-биоинформатика обычно начинается с аспирантской должности в одном из крупных институтов. Изначально биоинформатики получают базовую ставку, зависящую от их института, количества грантов, в которых они принимают участие, а также их количества аффиляций — мест, в которых они официально трудоустроены. Со временем количество грантов и аффиляций растет, и где-то через пару лет работы в академической среде биоинформатик без проблем получает среднюю зарплату (70-80 тыс. рублей), однако многое зависит от усердия и трудолюбия. Наиболее опытные биоинформатики в конечном итоге заводят собственные лаборатории в сферах своей специализации.
Где учатся на биоинформатика?
Известные биоинформатики
Историю биоинформатики следует вести от Фредерика Сэнгера, английского ученого, получившего в 1980 году Нобелевскую премию по химии за открытие способа прочтения последовательности ДНК. С тех пор, с каждым годом методы чтения последовательностей совершенствуются, однако метод «секвенирования по Сэнгеру» послужил основой для всех дальнейших исследований в этой области.
Кстати, многие программы, созданные именно российскими учеными, сегодня широко используются во всем мире — например, геномный сборщик SPAdes, — St. Petersburg genome assembler, созданный в Санкт-Петербургском институте, помогает ученым со всего мира собирать короткие последовательности ДНК в большие последовательности, чтобы восстановить исходные геномы организмов.
Открытия и достижения биоинформатики
В наше время биоинформатики совершают множество полезных открытий. Невозможно было бы представить разработку лекарств от коронавируса без расшифровки его генома и сложного биоинформатического анализа процессов, происходящих в ходе заболевания. Международная группа ученых с помощью методов сравнительной геномики и машинного обучения смогла понять, что общего у коронавирусов с другими патогенами.
Оказалось, что одна из таких особенностей — происходящее в ходе эволюции усиление сигналов ядерной локализации (NLS) патогенных вирусов. Это исследование может помочь в изучении штаммов вирусов, которые могут быть потенциально опасными для человека в будущем, и, возможно, начать превентивную разработку лекарственных препаратов.
Помимо этого, биоинформатики сыграли ключевую роль в разработке новых методов редактирования генома, в частности, CRISPR/Cas9 системы (технология, базирующаяся на иммунной системе бактерий). Благодаря биоинформатическому анализу структуры данных белков и их эволюционного развития, точность и эффективность этой системы за последние годы выросла в разы, что позволило целенаправленно редактировать геномы многих организмов (в том числе человека).
Получить востребованную профессию с нуля или Level Up по навыкам и зарплате, можно, пройдя онлайн-курсы SkillFactory: